随后，袁崇焕暗地里叫属下把毛文龙和随行兵分开，命令部下擒拿毛文龙，剥去冠裳 。毛文龙以为是皇上要杀他，便叩首乞求免罪，但是袁崇焕不为所动，并说“如果不杀你，东江地区迟早会脱离朝廷，落入你手中 。”随后，袁崇焕当众历数了毛文龙十二条罪状，然后取出尚方宝剑将毛文龙斩了 。第二天，袁崇焕为毛文龙举行了祭礼 。
事后，为笼络、分化和稳定毛文龙的旧部，袁崇焕宣布：毛文龙部下照旧供职，各复原职;改编东江军队，分为四协，分别由毛文龙之子毛承禄、旗鼓中军徐敷奏、游击刘兴祚、副将刘继盛统辖 。
毛文龙死后，毛家军内部矛盾日益激化，呈现出内乱不止、分崩离析的危局，先后出现刘兴治与耿仲裕在皮岛作乱，之后又有孔有德和耿仲明在山东登州作乱，自毁了明军的辽东沿海防线 。

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