大部分动物的消化道也包含着微生物群落 。两种生物的互利共生，有的是兼性的，即一种从另一种获得好处，但并未达到离开对方不能生存的地步；另一些是专性的，专性的互利共生也可分单方专性和双方专性 。
3．原始协作
原始协作可以认为是共生的另一种类型，其主要特征为两种群相互作用，双方获利，但协作是松散的 。分离后，双方仍能独立生存 。
如蟹背上的腔肠动物对蟹能起伪装保护作用，而腔肠动物又利用蟹作运输工具，从而得以在更大范围内获得食物 。又如某些鸟类啄食有蹄类身上的体外寄生虫，而当食肉动物来临之际，又能为其报警，这对共同防御天敌十分有利 。
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